不同鱼苗厂主营品种各有侧重，常见的有：

淡水常规品种‌：草鱼、鲤鱼、鲫鱼、花鲢、白鲢，这类苗种来源多、价格相对便宜。

‌特种经济鱼类‌：黄颡鱼、斑点叉尾鮰、加州鲈、鳜鱼（桂花鱼）、黑鱼，成活率高但价格稍高。

‌特色冷水鱼‌：虹鳟、鲟鱼等，适合高原或冷水资源丰富的地区养殖。

‌其他品种‌：泥鳅、罗非鱼、军鱼苗、刺鳅苗等，部分厂家也提供。‌‌